超聲波清洗器輔助提取主要是依據物質中有效成分的存在狀態，合理利用超聲波振動方法進行提取，可使溶劑快速低進入固體物質中，將其中所含的有機成分最大程度地溶於溶劑之中，得到多成分混合提取液。
1、超聲波清洗器提取糖類成分的應用
糖分一般存在於植物細胞液中，而植物中的纖維、細胞粘液等對糖分的溶出一個很大的阻礙。超聲波清洗器可以應用於各種糖類有效成分的提取，並且超聲波不會影響水溶性多糖的生物性。
2、超聲波清洗器提取酮類成分的應用
利用超聲波產生的空化效應，能使溶劑充分、快速滲透提取物內部，且超聲波清洗器具有加熱功能，有利於苷元的浸出，可大幅度地提高有效成分的提取率，極大地縮短提取時間，節省溶劑。
3、超聲波清洗器提取苷類成分的應用
苷類提取常用有機溶劑加熱回流、水浸提取等方法，但這些方法耗時、高溫的缺點易使苷類的成分破壞。超聲波清洗器提取具有高效、快速的優點，可以避免苷元結構遭破壞。利用超聲波提取還可應用於重樓總皂苷、三七總皂苷等的研究。
4、超聲波清洗器提取堿類成分的應用
利用超聲波清洗器輔助提取生物堿，可以縮短提取時間及有效提高生物堿含量，但因為植物類中生物堿的成分各有不同，所以應用超聲波提取技術工藝各有不同。由於超聲波清洗器提取能力優異可靠，目前廣泛應用於中藥生物堿有效成分的提取。
超聲波清洗器在提取有著廣泛的應用，除了能用於提取上述四種有效成分之外，還可以應用於多酚類、蒽醌類、揮發油、有機酸類、帖類等有效成分的提取，均能取得很好的提取效果。